De acordo com este guia na IGN, "Pokémon Black & Branco, vai ganhar alguma funcionalidade aprimorada", quando jogado na Nintendo 3DS. A funcionalidade exata não é detalhada, mas faria mais sentido se o jogo acaba sendo visível em 3D. IGN descreve esse tipo de aprimoramento do recurso através de compatibilidade como "extremamente raro", mas eu só estou feliz por ter mais um motivo para pegar Pokemon.
Update: Aqui está a citação completa da IGN:
O 3DS será compatível com todos os jogos de DS e DSi. Esses jogos não serão capazes de exibir imagens em 3D, apesar de ser usado no 3DS. No entanto, alguns jogos, principalmente Pokémon Black & Branco, vai ganhar alguma funcionalidade melhorada quando jogado sobre o novo sistema. Estes casos devem ser considerados extremamente raros, entretanto.
Lendo-a para trás, parece que o 3D não irá ser suportado. Mas com certeza alguma coisa vai ser só de 3DS?